Nauka religii i etyki jest organizowana w szkołach na życzenie rodziców, bądź pełnoletnich uczniów, według zasad określonych w  przywołanym wyżej rozporządzeniu. Od 1 września 2014 r. będzie obowiązywać zasada wyrażania życzenia w formie oświadczenia pisemnego.

Religia i etyka nie są dla ucznia przedmiotami obowiązkowymi, udział w nich jest dobrowolny. O udziale ucznia w zajęciach z tych przedmiotów decydują rodzice lub pełnoletni uczniowie poprzez złożenie - na zasadzie dobrowolności - wspomnianego oświadczenia. Po złożeniu oświadczenia udział w wybranych zajęciach staje się dla ucznia obowiązkowy.

Uczeń może uczestniczyć w zajęciach z religii, z etyki, z obu przedmiotów, może też nie wybrać żadnego z nich. Na możliwość wyboru przez ucznia obu przedmiotów zwrócił uwagę Trybunał Konstytucyjny w orzeczeniu z dnia 20 kwietnia 1993 r. U 12/92 oraz w wyroku z dnia 2 grudnia 2009 r. sygn. akt U 10/07.

Jeśli w danej szkole część uczniów wyrazi życzenie uczestniczenia w zajęciach zarówno z religii, jak i z etyki, szkoła jest zobowiązana umożliwić im udział w zajęciach z obu przedmiotów, umieszczając odpowiednio (bezkolizyjnie) godziny nauki  religii i etyki w planie zajęć szkolnych.

Jeżeli uczeń nie korzysta w szkole z nauki religii lub etyki, szkoła ma obowiązek zapewnić temu uczniowi w czasie trwania lekcji religii lub etyki opiekę lub zajęcia wychowawcze.

Szkoła nie ma prawa domagać się oświadczeń informujących o nieuczestniczeniu ucznia w zajęciach z religii i/lub etyki, natomiast w przypadku rezygnacji z udziału w tych zajęciach konieczne jest poinformowanie szkoły o zmianie decyzji.

Szkoła organizuje zajęcia z religii (określonego wyznania) i etyki w klasach (oddziałach) lub grupach międzyklasowych (międzyoddziałowych), gdy otrzyma co najmniej siedem zgłoszeń dotyczących danego przedmiotu. Zgodnie z przywołanymi przepisami szkoła ma obowiązek zorganizowania lekcji religii lub etyki dla grupy nie mniejszej niż 7 uczniów danej klasy lub oddziału.

Jeśli w szkole zgłosi się mniej niż siedmiu uczniów, dyrektor szkoły przekazuje oświadczenia organowi prowadzącemu, który organizuje odpowiednio zajęcia z etyki w grupach międzyszkolnych oraz zajęcia z religii - w porozumieniu władzami zwierzchnimi kościoła lub związku wyznaniowego - w pozaszkolnych punktach katechetycznych.

W celu ułatwienia organizacji nauczania etyki w szkole zaleca się, aby w przypadku niewielkiej liczby uczniów wybierających etykę stosować rozwiązania organizacyjne umożliwiające prowadzenie zajęć w grupach różnowiekowych, łączących uczniów z całego etapu edukacyjnego. W takim przypadku treści nauczania etyki powinny być podzielone na moduły nadające się do realizowania w dowolnej kolejności. Pozwoli to skonstruować ofertę nauczania etyki w każdej szkole, nawet wtedy, gdy liczba uczniów wybierających etykę jest niewielka. W przypadku większej liczby uczniów wybierających etykę zaleca się, aby szkoła realizowała zajęcia w grupach łączących uczniów z jednego rocznika.

Jak już wspomniano, od 1 września 2014 r. przestaje obowiązywać dotychczasowe ograniczenie co najmniej trzech uczniów, dla których organ prowadzący tworzy grupę międzyszkolną lub pozaszkolny punkt katechetyczny. Oznacza to, że zajęcia z etyki lub religii (określonego wyznania) są organizowane nawet dla jednego ucznia. W takim przypadku wskazane jest, aby zajęcia z etyki odbywały się w szkole, w której uczeń ten spełnia obowiązek szkolny lub obowiązek nauki.